Забайкальский край
- Еравнинский межрайонный отдел контроля, надзора и рыбоохраны
- Северобайкальский межрайонный отдел контроля, надзора и рыбоохраны
- Улан-Удэнский межрайонный отдел контроля, надзора и рыбоохраны
- Байкало-Селенгинский межрайонный отдел контроля, надзора и рыбоохраны
- Финансово-экономический отдел
- Отдел материально-технического обеспечения
- Отдел государственной службы и кадров
- Отдел юридической службы
- Шилкинский участок контроля, надзора и рыбоохраны Забайкальского территориального отдела
- Отдел регулирования рыболовства, аквакультуры и согласования
- Забайкальский территориальный отдел контроля, надзора и рыбоохраны
- Бодайбинский участок контроля, надзора и рыбоохраны Братского межрайонного отдела
- Киренский участок контроля, надзора и рыбоохраны Братского межрайонного отдела
- Тайшетский участок контроля, надзора и рыбоохраны Братского межрайонного отдела
- Усть-Илимский участок контроля, надзора и рыбоохраны Братского межрайонного отдела